Вы можете сохранить следующую строку в новый пакетный файл (.cmd или .bat):
FOR %%A in (C:\Temp\A\*) DO MOVE C:\Temp\B\%%~nxA C:\Temp\X\
Теперь у вас есть все файлы из A, которые присутствуют в B, для перемещения из B в новую папку X. Выполните визуальный осмотр, чтобы убедиться, что все в порядке, а затем удалите B вручную.
Вы также можете запустить эту команду из CMD, но вы должны оставить один знак процента вместо двух.
Будьте очень, очень осторожны, так как один пропущенный символ может съесть все ваши B-файлы. Сначала я выполнил команду, чтобы убедиться, что она безопасна:
FOR %%A in (C:\Temp\A\*) DO ECHO MOVE C:\Temp\B\%%~nxA C:\Temp\X\