Я нахожусь на Windows 8, и я могу открыть несколько сеансов RStudio. Вероятно, это зависит от версии Windows, которую вы используете. Поиск в Google по запросу «rstudio множественные сессии» показывает, что обычно это возможно. Поэтому, возможно, потребуется больше подробностей, чтобы ответить на ваш вопрос.
Вы можете попробовать установить RStudio в две разные папки и запустить каждую из них отдельно.