WinSCP по умолчанию сохраняет временные метки (и вам не нужно отключать «поддержку возобновления»).
WinSCP не может не сохранить права собственности и права доступа. Вряд ли есть способ сделать это автоматически. Во-первых, вам нужно установить отображение 1: 1 для пользователей и групп * nix на пользователей Windows. Только тогда имеет смысл начать сопоставление разрешений * nix с ACL-списками Windows. Я не знаю ни одного инструмента, способного на это.