SFC /SCANNOW
похоже исправил это.
Мне пришлось скопировать файлы I386 из инсталляционной версии XP-SP3 на жесткий диск компьютера по сети и изменить некоторые параметры реестра, чтобы он работал, но, похоже, он работал, и файловые системы были распознаны после перезапуска.
Я буду ждать, чтобы увидеть, если проблема всплывет.