(больше комментарий, чем ответ, но слишком длинный, чтобы добавить его в качестве комментария)
Возможно, да, но, вероятно, это не решит проблему, которую вы пытаетесь решить.
На каком-то этапе необходимо предоставить ключ дешифрования для доступа к зашифрованной файловой системе. Часто это делается с помощью ввода пользователем пароля. Я ожидаю, что стандартные инструменты шифрования также предлагают функциональность для чтения ключа с USB-накопителей, смарт-карт, некоторого другого оборудования ... таким образом, не требуя взаимодействия с пользователем (я думаю, что TrueCrypt делает это для Windows, не уверен в Linux).
Однако, в конце концов, если виртуальная машина работает на вашем клиентском компьютере, ключ дешифрования окажется на том же компьютере, что и дешифрование. Таким образом, в конце концов, предоставив технически достаточно квалифицированному человеку полный доступ к вашим данным.
Вы можете попытаться скрыть ключ шифрования в аппаратном обеспечении, как это делают DVD-плееры, или многие игровые приставки, или более новые iPod, но для этого потребителю придется использовать такое оборудование в качестве (или) своего компьютера; и имейте в виду, что это также только заслоняет, а не защищает.
Как насчет того, чтобы вообще не передавать данные клиенту, а использовать приложение, запрашивающее данные в виде веб-службы с вашего собственного сервера?