В нормальных условиях это совершенно безопасно, если вы используете тот, который предназначен для вашей версии Windows.
Однако возможно, что в плохих кластерах есть важные файлы, которые не были помечены как плохие, и эти кластеры могут работать с перебоями. Путем «исправления» их диск игнорирует эти кластеры, и поэтому эти файлы недоступны.
Но затем вы идете и пытаетесь восстановить плохие кластеры, и иногда вы можете получить некоторые из них обратно. Раньше у вас были файлы типа "? Utoexec.bat" и подобные; не уверен, как это работает в последнее время.