MSI-файлы могут быть выполнены с помощью msiexec.exe, поэтому в сочетании с командой runas вы можете выполнить то, что хотите:
runas /user:administrator "msiexec /i <path and filename of your msi>"
Поскольку рекомендуется указывать полный путь к файлу, может потребоваться заключить его в кавычки, после чего вам необходимо экранировать их обратной косой чертой \
:
runas /user:administrator "msiexec /i \"<path and filename of your msi>\"" ^^ ^^