Почему бы не просто выполнить поиск файлов flac, проверить существующие файлы m4a и выполнить преобразование, если файл m4a не существует? Просто маленький пример:
for i in $(find $PWD -name "*.flac") do # check if file was already converted and therefore a m4a file exists if [ ! -e $(dirname $)/$(basename $ .flac).m4a ] then # convert your file... File including path is in $ echo "Need to convert input file $ now..." WAV=$(dirname $)/$(basename $ .flac).wav M4A=$(dirname $)/$(basename $ .flac).m4a ffmpeg -i $ $ ffmpeg -n -i $ -acodec alac $ rm $ fi done