Запускайте команду только для определенных файлов в подпапках, в зависимости от других файлов
Ответ: Почему бы не просто выполнить поиск файлов flac, проверить существующие файлы m4a и выполнить преобразование, если файл m4a не существует? Просто маленький пример: for i in $(find...