Вы должны запустить его как службу Windows. Самый простой способ сделать это - установить его через SrvAny (он есть в комплекте ресурсов). В статье Microsoft KB KB137890 объясняется, как это сделать.
Другой вариант, хотя и не бесплатный, - использовать сторонний инструмент, такой как FireDaemon, для управления созданием и мониторингом службы.