Если карты требуют дополнительного питания PCI-E (6-контактный или 8-контактный) и имеют разъемы на конце карты, то карты не будут работать вообще, пока они не подключены.
Если на картах нет дополнительных разъемов питания, они должны работать как обычно. Сначала начните с одной карты в слоте PCI-E 16x и убедитесь, что она работает первой. Затем я попробовал бы следующую карту в том же слоте и убедился, что она работает.
Затем, когда вы знаете, что оба работают по отдельности, попробуйте их вместе и посмотрите, что произойдет.