Есть много способов сделать это. Простым решением было бы просто использовать Task Scheduler для запуска пакетного скрипта, подобного этому, в 3 часа утра каждый день:
taskkill /f /im programname.exe
сохранить как что-то вроде closeprograms.bat и заменить programname.exe именем исполняемого файла, который вы хотите убить. Настройте Планировщик заданий так, чтобы запускать этот пакетный файл в любое время.