Если вы знаете, как скомпилировать программное обеспечение из исходного кода, у вас не возникнет никаких проблем.
Но вы уверены, что хотите использовать BackTrack в качестве основной ОС? дистрибутив создан для тестирования на проникновение, поэтому вы найдете множество и много программного обеспечения, которое вам может не понадобиться.
Я бы посоветовал оставить Ubuntu в качестве основной ОС и просто добавить инструменты, которые вы найдете полезными в BackTrack, в Ubuntu, это было бы проще, плюс вы найдете почти все скомпилированные и готовые в репозиториях Ubuntu, в то время как репозитории BackTrack по-прежнему невелики по сравнению с репозиториями BackTrack. Убунту.