Когда вы добавляете что-то в основную ветку, это там навсегда. Слияние другой ветви с мастером - это просто добавление вещей из другой ветви в мастер.
Когда вы удаляете эту другую ветку, история внутри ветви теряется, если вы ее перебазировали. Но в любом случае это не имеет особого смысла после внесения изменений в основную ветку.
Таким образом, вы можете безопасно удалить свою ветку, если не хотите продолжать разработку в ней.