На данный момент CCleaner официально не поддерживает Windows 8 (11-7-2012)
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Но если вы перейдете на эту страницу и загляните в заметки о выпуске, там написано
Оптимизированная архитектура для 64-битных сборок Windows 7 и 8.
Так что, возможно, он еще не полностью разработан для очистки приложений в метро.
Вы можете спросить на форуме сообщества Piriform или на странице "связаться с нами" .