На самом деле Eclipse - это довольно солидная IDE для написания C / C ++, если вы используете C Development Toolign (CDT).
Тогда есть [KDevelop], также довольно зрелый. Первоначально он был предназначен для разработки KDE, но вы также можете использовать его для простого C, если хотите.
Наконец, если вы хотите что-то менее интегрированное, но использовать отдельные инструменты (способ Unix), вы должны выбрать хороший редактор (Vim и Emacs приходят на ум, оба имеют хорошую интеграцию с различными инструментами, такими как контроль версий и компилятор) плюс отладчик. Вы также можете посмотреть на DDD, интерфейс для GDB.
Что касается плюсов и минусов, то это действительно зависит от ваших личных предпочтений. Интегрированная версия хороша, если вам нравится, как есть, но трудно изменить, если нет.
Также см. Например
https://stackoverflow.com/questions/24109/c-ide-for-linux
https://stackoverflow.com/questions/86676/is-there-a-good-and-free-ide-for-cc-in-linux