Решение :
Кстати, я нашел свое решение. В windows нужно сделать три пакетных файла
process.bat
@ECHO OFF start /b cm.bat start cmd.exe /c run.bat EXIT
cm.bat
@ECHO OFF a.exe < input.txt > out.txt taskkill /im a.exe /f taskkill /im cmd.exe /f EXIT
run.bat
@ECHO off timeout /t 5 taskkill /im a.exe /f taskkill /im cmd.exe /f EXIT
Теперь запустите process.bat. он запустит и cm.bat, и run.bat одновременно / параллельно. Когда a.exe из cm.bat завершается; cm.bat убивает run.bat и, таким образом, он будет работать как тайм-аут Ubuntu.