Вы можете сбросить метаданные с помощью:
ffmpeg -i in.mov -f ffmetadata metadata.txt
Вы можете импортировать метаданные с чем-то вроде (никогда не пробовал это):
ffmpeg -i in.mov -i metadata.txt -map_metadata 1 -c:a copy -id3v2_version 3
Источник: http://jonhall.info/how_to/create_id3_tags_using_ffmpeg