Вы можете использовать эти параметры
git.exe /VERYSILENT /COMPONENTS="icons,ext\reg\shellhere,assoc,assoc_sh"
Я смог собрать воедино варианты, посмотрев код здесь: https://github.com/msysgit/msysgit/blob/master/share/WinGit/install.iss.
Кроме того, команды для настройки inno можно найти по адресу: http://www.jrsoftware.org/ishelp/index.php?topic=setupcmdline.