Чтобы проверить, попробуйте использовать FTP вручную. FTP на ваш сайт в командной строке, сделайте несколько вещей, затем подождите около 30 секунд или около того, и посмотрите, не отключит ли это вас. Я помню, как одна веб-хостинговая компания очень быстро рассчитала время.
Что касается tramp, единственное, что я могу видеть, - это пользовательский параметр tramp-завершении-reread-directory-timeout . Может быть, он задается вопросом, изменил ли кто-то другой каталог и перечитал его, чтобы быть уверенным.