(setq mac-command-modifier 'alt) ;; Может быть установлен в мета, альт, супер или гипер
Я не уверен, как отображаются ваши ключи Windows, но вы можете оценить это выражение в чистом буфере с помощью Cx Ce, пока не найдете нужный вам модификатор, а затем скопировать его в файл init.el или .emacs.