Ubigraph действительно выглядит очень красиво, но 3D-визуализация страдает от проблем окклюзии, которые могут значительно снизить их полезность. Обычно лучше иметь несколько 2D видов бок о бок.
Наборы данных какого размера вы заинтересованы в анализе? Существует несколько инструментов с открытым исходным кодом для анализа наборов графических или сетевых данных, которые различаются по доступным функциям и размеру, с которым они могут работать. NodeXL - отличный вводный инструмент, который интегрирует сетевой анализ в Excel 2007/2010 (отказ от ответственности: я советник для него ). Другие инструменты, такие как Gephi, Cytoscape и, особенно, Large Graph Layout, могут лучше масштабироваться для больших графиков, но не так просты в использовании. Pajek и UCINet - некоторые проприетарные альтернативы.