В Linux я бы использовал, find
чтобы найти все соответствующие файлы, а затем rename
:
$ find . -name "*version2*" -exec rename version2 version3 {} \;
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Чтобы уточнить, согласно комментарию @ choroba ниже, это решение относится к rename (1), распространяемым как часть пакета util-linux.