Короткий ответ - нет, и вы бы не хотели, чтобы это работало как-то иначе.
Если это может произойти, то одна программа может захватить целые папки на вашем компьютере. Право доступа к файлам будет неправильно управляться, а файловая система будет фантастической целью для вредоносных программ.
Кроме того, вероятность того, что ваше одно приложение сможет прочитать все типы файлов и понять их для пользователя, маловероятна.
Вы можете хранить файлы в базе данных, а затем заставить вашу программу вызывать их из базы данных вместо файловой системы Windows. В качестве альтернативы вы можете сделать так, чтобы ваше приложение делало переход по папке и изменяло расширения файлов на те, которые оно понимает само по себе, и устанавливало эти ассоциации в Windows.