Отвечая на мой собственный вопрос: да, это из-за USB, и это можно вылечить. По крайней мере, в моем случае.
Помогло отличное бесплатное средство USB Device Viewer, которое показывало все зарегистрированные системные устройства, активные и отключенные. Поскольку большинство USB-устройств являются подключаемыми устройствами, обычно их можно удалить из реестра Windows (а не просто отключить, удалить). Я сделал это, оставив только мышь и клавиатуру, перезагрузил компьютер и после повторного подключения USB-устройств все мои MIDI-инструменты работали нормально, и диспетчер устройств перестал мигать, пытаясь установить новое устройство.