Во-первых, вы должны понимать, что это очень серьезная ошибка. Windows \ System32 \ Config \ SYSTEM содержит куст SYSTEM вашего реестра Windows. Он содержит конфигурацию вашего оборудования и может быть восстановлен только программой установки Windows. (Я не видел эту ошибку в течение 10 лет. Невозможно повредить СИСТЕМУ при нормальном использовании.)
Итак, решение сводится к этому вопросу: у вас есть резервная копия или нет? Если да, используйте его для восстановления СИСТЕМЫ. Если нет, я боюсь, что вы облажались.
Что бы вы ни делали, убедитесь, что раздел, на котором установлена Windows Server 2003, является разделом NTFS.