PackageKit - это графический инструмент, который предупреждает вас о готовности обновлений. Он запускается плагином "refresh-packagekit" (см. Вторую строку вашей цитаты). Не уверен, что вы можете отключить его, но просто подождите несколько минут, чтобы избежать этой проблемы.
Используете ли вы графическое окружение рабочего стола (например, Gnome или KDE)? Если это так, найдите значок PackageKit в области уведомлений (в Gnome он находится в правом верхнем углу по умолчанию). Вы когда-нибудь видели всплывающее окно с сообщением о готовых обновлениях? Это PackageKit. Его нужно обновлять каждый раз, когда что-то происходит с yum, чтобы он мог отображать правильную информацию.