Что бы это ни стоило, у меня есть почти идентичное требование: flac для прослушивания на моем рабочем столе, ogg файлы синхронизируются с моим телефоном.
Когда я разорвал все компакт-диски, я поместил файлы flac во вложенные папки <albumname>/flac
. Затем в foobar2000 я просто добавляю 'flac' к любому поисковому запросу.
Это не идеально, но, прочитав документы, я не думаю, что есть способ указать поведение «предпочитать флак и удалять дубликаты».