Для восстановления файлов купите IDE-to-SATA или даже IDE-USB-адаптер. (Их много в магазинах eBay и компьютерных запчастей.) Используйте его для подключения диска к другому компьютеру.
Я бы посоветовал сделать полный образ диска, прежде чем делать что-то еще, чтобы вы могли восстановить его на случай, если он умрет на следующей неделе. Если система действительно так критична для бизнеса, как вы говорите, зачем вам делать операцию на головном мозге на единственной существующей копии? Вы никогда не знаете, собирается ли операция «восстановить» или «переустановить» исправить ее, или просто непоправимо ее сломать.
Как только вы сделали это:
Чтобы сделать систему загрузочной, выясните, какие файлы были удалены, и скопируйте их с установочного компакт-диска Win98 (с помощью команды extract DOS). Убедитесь, что у вас правильный выпуск Win98 (первое издание против SE).
Если было удалено слишком много файлов, запустите установщик Windows и укажите его по тому же пути. Как говорит @Mokubai, он должен обнаружить существующую ОС и восстановить ее без потери установленных приложений.