После долгих поисков я нашел лучший ответ, который мне кажется. Вам нужно использовать интерфейс командной строки Mp4Box для мультиплексирования файла MP4:
mp4box -new -add original_video.mp4 -add extra_track.m4a:disable output_file.mp4
Эта опция отключения заставит Quicktime игнорировать этот трек и воспроизводить только основной. Quicktime не имеет возможности выбирать аудиодорожки, потому что это ужасное программное обеспечение, так что это лучшее, что вы можете сделать.
Для WMP вы можете переключать звуковые дорожки, перейдя в полноэкранный режим, а затем щелкнув правой кнопкой мыши на видео. Просто по умолчанию он выбирает неправильный трек, и с этим приходится мириться. Это ошибка в WMP.