Лучший способ для вас - использовать два логических тома (конечно, если вы планируете использовать только виртуальные машины):
/ - 50GB /var - other space
KVM, libvirt и virt-manager не используют каталог / home, поэтому вам не нужно создавать том для него.
Настройка LVM довольно проста, вы можете начать с некоторой вводной статьи о LVM .