mp3splt - это то, что я часто использую. Его особенностью является то, что он разделяется между полными MP3-кадрами, т.е. без распаковки и повторного сжатия звука, что означает, что на качество это никак не влияет.
Примерно так будет работать для одного файла:
mp3splt -f 0.10 5000.0 <filename>
5000.0 должно быть больше, чем длина любого отдельного файла; mp3splt останавливается, когда встречает EOF или достигается указанная конечная точка.