Если вы используете Linux, вы можете сделать это так:
cat aa.txt bb.txt | sort -u > newfile.txt
Здесь aa.txt - первый текстовый файл, а bb.txt - второй.
sort -u
сортирует файл по алфавиту и с помощью -u
(см. также здесь https://stackoverflow.com/a/9377125/7311363 ) вы удаляете дубликаты. Когда > newfile.txt
вы пишете это в newfile.txt.