Следующее, которое вы можете добавить ~/.emacs
или где ваш сценарий инициализации случится, должно решить эту проблему, отключив полосы прокрутки во вновь создаваемых фреймах сразу после их создания:
(add-hook 'after-make-frame-functions '(lambda (frame) (modify-frame-parameters frame '((vertical-scroll-bars . nil) (horizontal-scroll-bars . nil)))))
У меня работает в Emacs 24.3 на Linux и Darwin; Aquamacs странный, поэтому ваш пробег может отличаться, но я сомневаюсь, что это достаточно странно, чтобы сломать это.