Если вы не говорите о написании драйвера устройства, обработка файлов для флэш-накопителя и жесткого диска одинакова, поскольку операционная система и файловая система абстрагировали все детали низкого уровня. Все, что вам нужно беспокоиться, это открыть файл и читать или писать из него.
Даже на низком уровне любое устройство обычно берет адрес и несколько байтов для записи (или адрес для чтения). Внутренние жесткие диски выполняют преобразование адреса в цилиндр, дорожку, сектор и т. Д.