Существует инструмент от Panda, который называется USB Vaccine и создает неперезаписываемый файл autorun.inf на вашем USB-диске, злоупотребляя спецификацией файловой системы FAT32.
Если вы используете NTFS, вы можете просто разрешить создавать папки и создавать файлы только для дочерних папок. Но имейте в виду, что обычно эти трояны сначала пытаются сбросить разрешения для корневого каталога (если они работают с правами администратора или системными привилегиями).