Я использую RDP на своих серверах W2008 и W2012, чтобы выполнять работу администратора, как вы описываете. Оба они также используют разные версии IIS.
В зависимости от учетной записи, с которой вы входите, будут зависеть ваши права доступа (как и следовало ожидать).
Однако, если вы обращаетесь к файлу конфигурации, то имеете ли вы в виду файл конфигурации вашего веб-приложения ... Если это так, он уже есть в вашем проекте ASP.NET (при условии, что вы используете ASP.NET (WebForms или MVC). )), файл (ы) web.config!