Вы пишете лучший оконный менеджер?
К сожалению, я думаю, что это может быть просто одной из проблем взаимодействия оружия с ногой. Я использую Gnome / Openbox, и у меня та же проблема. Я также немного знаю о том, как работает wm: s, поэтому я уверен, что это случай между всплывающими окнами, появляющимися вместе с их родителями, и тем, что происходит, когда окно отображается / не отображается. (показано / не показано (по любой причине, в отличие от iconify, другого virtscreen или чего-либо еще))
Мне бы очень хотелось оказаться неправым, но я думаю, что на самом деле это может быть очень неприятной вещью, которую wm должен решить, требуя некоторого удивительного и закулисного обмана.