FFmpeg - еще один отличный вариант. Вы можете скомпилировать его самостоятельно или взять двоичные файлы Windows с http://ffmpeg.arrozcru.org/autobuilds/ .
Предполагая, что все ваши файлы WMA находятся в одном каталоге, вы можете запустить пакетную команду, например
FOR %I IN (*.wma) DO <path to ffmpeg.exe> -i "%I" "%I.mp3"
в каталоге, содержащем все ваши файлы WMA.