Непроверенный ответ:
open=""mysubfolder\myprogram.exe -myparameter"" icon="mysubfolder\myprogram.exe,0" action=MyActionName
Строки выше должно быть достаточно - я не думаю, что другие нужны. Возможно, двойные двойные кавычки могут быть заменены одинарными двойными кавычками.
Источник: Autorun.inf не может иметь дело с подпапками с пробелом в имени папки?