Я нашел ответ.
Согласно веб-сайту Microsoft Windows CE, Windows CE 5.0 поддерживает пакет обновления 2 для .NET Compact Framework 2.0:
.NET Compact Framework Windows CE 5.0 добавляет функциональность .NET Compact Framework с пакетом обновления 2 (SP2).
Windows CE 6.0 также поддерживает .NET Compact из коробки, как указано на веб-сайте Windows CE 6.0 :
Напишите собственный или управляемый код, выбрав предпочитаемую технологию разработки Microsoft - Win32, MFC или .NET Compact Framework (C #, VB).