Это зависит от многих факторов.
Кейлоггер, как правило, перехватывает нажатия клавиш, поступающие с клавиатуры, и поэтому регистрирует все, что набрано. Смотрите вики
Скорее всего, они анализируют ваш сетевой трафик (с помощью некоторых базовых сценариев или чего-то подобного), и в этом случае они могут видеть, какие домены / онлайн-сервисы вы используете, а также часть передаваемого контента.
Некоторые сервисы / веб-сайты используют шифрование для передачи контента (ssl), но это скрывает только то, что отправляется / принимается.
РЕДАКТИРОВАТЬ: другая интерпретация может состоять в том, что они просто архивируют / контролируют все внутренние коммуникации, такие как электронная почта и мгновенные сообщения, отправленные через сервисы компаний.