Уже давно я пользуюсь им, но я думаю, что Ручной тормоз вполне может соответствовать вашим требованиям: Ручной тормоз
Единственная область, в которой я не уверен, что она будет соответствовать вашим требованиям, - это то, как она обрабатывает разбиение на несколько выходных файлов. Но он поддерживает кодирование Theora, и я думаю, что он может использовать несколько процессоров / ядер.