Я полагаю, что meder относится к различным концам линий между Linux и Windows. В то время как * NIX используют только один символ (ASCII 10) для перевода строки, Windows использует 2 (ASCII 13 + ACII 10).
Программы FTP обычно имеют режим «Передача текста» или «Передача ASCII» (по сравнению с режимом «Двоичная передача»), который автоматически конвертирует эти символы при необходимости.
Таким образом, если ваш файл имеет 1000 строк, он больше на 1 КБ в Win, чем в системах * NIX.
В Filezilla вы можете определить режим передачи через Transfer
-> Transfer Mode
в строке меню.
Может быть еще одна причина, о которой я могу подумать, хотя это весьма непросто. Если вы вычисляете килобайты, вы можете установить 1 КБ = 1024 байта (единица СИ) или вы можете установить 1 КБ = 1000 байтов (единица IEC, обратите внимание на «Ки» вместо «k»). Это также приведет к разным размерам, но во всех случаях я знаю, что размеры рассчитываются одинаково на обеих сторонах соединения.