В поиске пакетов Cygwin появился пакет с именем hexedit, который, как я полагаю, является портом того же инструмента, который доступен в большинстве дистрибутивов Linux под тем же именем.
Я использовал упомянутую утилиту (как установлено из репозиториев Debian) под Linux, и она сделала то, что мне хотелось. Я не пробовал версию в Cygwin, хотя это может быть другой инструмент с тем же именем.