Предполагая, что вы находитесь в Linux. Установите пакеты djvulibre (в Debian / Ubuntu djvulibre-bin), перейдите по пути, по которому у вас есть образы, и выполните следующее:
for x in *.jpg; do c44 -dpi 300 $x; done djvm -c ../result.djvu *.djvu ddjvu -format=pdf myfile.djvu myfile.pdf
Источник: http://www.vitki.net/book/page/converting-jpeg-scans-or-djvu-files-pdf Еще один полезный источник: http://commons.wikimedia.org/wiki/Help:Creating_a_DjVu_file
В Windows вы можете использовать Cygwin и следовать этим шагам или использовать любой из нескольких доступных инструментов GUI. Последний вариант не даст вам такой же скорости, так как он не может быть написан в сценарии.