FAT32 - это то, что вы можете быть уверены в работе практически в любом месте.
Я борюсь с ограничением размера файла, которое по сегодняшним меркам уже не так велико. Поскольку exFAT еще не доступен в Linux, я искал альтернативы, и действительно трудно найти что-то подходящее.
Когда-то UDF предназначался для кроссплатформенной и кросс-медиа файловой системы, но об этом вроде забыли. Существует опция форматирования UDF для жестких дисков, которая вполне подходит для съемных носителей, но, как я понял, поддержка в Windows минимальна, если вообще поддерживается. Я не знаю, поддерживает ли Windows 7 диски UDF, кроме дисков BluRay.
Я решил использовать NTFS для своих внешних дисков, которые необходимо подключить к компьютерам Windows, а также компьютерам Linux. Для моих съемных дисков, которые в основном, если не только используются на компьютерах Linux, я использую XFS.
Та же проблема относится и к шифрованию: я использую LUKS в Linux, который имеет некоторую поддержку в Windows. TrueCrypt не может быть интегрирован в системы Linux слишком хорошо, по сравнению с LUKS, поэтому я остановился на этом.