Поскольку последняя версия LAME была выпущена в 2011 году, я полагаю, что вы столкнулись с ошибкой, которая возникает только с длинным материалом - возможно, с проблемой выделения памяти.
Если что-то в самом файле не сломано, я бы скачал ffmpeg и использовал это для выполнения работы:
ffmpeg -i input.mp3 output.wav