Таким образом, ваш BIOS ошибочно принимает жесткий диск за оптический привод (впервые слышу об этом, но Vista не перестает удивлять). Поскольку вы можете установить диск как дополнительный, вы должны иметь возможность перезаписать MBR с помощью GRUB2 и, таким образом, восстановить нормальный загрузчик (GRUB2 был установлен с Ubuntu, затем перезаписан Vista, и теперь вам остается только установить GRUB2). Вам понадобятся grub-setup, grub-install и chroot. Читайте о переустановке загрузчика grub.
Таким образом, при условии, что другой жесткий диск, который вы можете загрузить, содержит форму Linux для выполнения команд GRUB. Если нет, то план Б будет состоять в том, чтобы загрузиться с компакт-диска без подключенного привода, а затем добавить жесткий диск SATA на лету. Не пытайтесь сделать это, если это жесткий диск IDE .
Для хорошего загрузочного компакт-диска с инструментами grub я могу порекомендовать "System Rescue CD" и "grml". Компакт-диск с Ubuntu также должен поставляться с инструментами спасения.