Я решил это, добавив в emacsinit.m следующую строку:
setenv('EDITOR', clientcommand);
в последней строке if usejava(..
блока) и запуск режима matlab в файле .emacs
;; Setting up matlab-mode (server-start) (add-to-list 'load-path "/your/matlab/emacs/path") (load-library "matlab-load")